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服務介紹  Service Introduction




        擴增子測序主要通過對特定長度的 PCR 產物進行測序分析,細菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因結構既具有保守性,又具有高變性。通過測序結果與數據庫比較,可以分析環境細菌/真菌的菌群結構和多樣性針對環境樣本,16S/18S/ITS 等基因擴增子測序是研究環境微生物多樣 性及群落組成差異的重要技術手段之一。

 

提供的服務 Services




     根據不同的研究目的和需求,我們提供 3 種擴增子產品:16S rDNA 測序、ITS 測序及目標區域擴增子測序。具體介紹如下: 

1、16S rDNA 測序:16S rDNA 為編碼原核生物核糖體小亞基 rRNA 的 DNA 序列, 具有 10 個保守區域和 9 個高變區域(V1-V9),其中保守區在細菌間差異不大,高變區具有屬或種的特異性,對 16S rDNA 某個高變區進行測序,用于研究環境微生物中細菌或古菌的群 落結構多樣性。

圖片1 

2、ITS 測序:ITS 分為兩個區域:ITS1 和 ITS2,ITS1 位于真核生物 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之間,ITS2 位于真核生物 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之間。對 ITS1或 ITS2 進行測序,用于研究環境微生物中真菌群落結構多樣性。

圖片2 

3、目標區域擴增子測序:根據客戶的研究需求,利用第二代高通量測序技術,對某些目標基因的 PCR 產物提供測序及分析服務。

 

實驗流程




圖片3 

 

分析內容




 

圖片4 

 

樣品要求  Sample Requirements




  

送樣建議

  送樣量

重復樣品數

DNA總量

DNA濃度

DNA純度A260/A280

DNA完整性

PCR 產物

腸道樣品

糞便

≥1g,至少大于500mg

10-20個

m≥0.25μg
推薦m≥0.5μg

c>5ng/μl

1.8~2.0

DNA無降解,即電泳有明顯的主條帶

濃度 ≥ 20 ng/μl,總量 ≥ 400 ng,片段大小< 450 bp,條帶單一,無降解,無引物二聚體。

環境樣品

水體

50ml,推薦使用濾膜推注,2片以上

3-5個

土壤樣品

土壤、淤泥

≥50g

10個

 


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