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宏基因組測序

服務介紹  Service Introduction



        宏基因組測序,是對特定環境樣品中的微生物群落基因組進行高通量測序,以分析微生物群體基因組成及功能,解讀微生物群體的多 樣性與豐度,探求微生物與環境、微生物與宿主之間的關系,發掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量測序的宏基因組學研究 具有以下優勢:

        1)很多自然界中的微生物并不能在實驗室條件下進行培養,因此,無需進行分離培養而擴展了微生物的研究范圍;

        2)該 方法對環境中微生物群落的多樣性、功能基因等宏觀特征進行了研究,更快更有效、準確的反應出微生物真實狀態;

        3)無需基因組片段 在宿主菌中的富集,高通量測序能分析挖掘總體微生物中的物種種類以及功能基因,促進了宏基因組學在多種研究領域的廣泛應用。


 

平臺優勢



      周期短:接收客戶樣品后,從質檢合格到生物信息分析結束一般控制在 30-45 個工作日,根據項目樣品數量,完成周期有所調整。

         技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供宏基因組、多組學實驗方案、解決實驗問題、

 

    

 

技術流程 Technical Procedures


圖片1

 


生物信息學分析 Bioinformatics Analysis


 

生物信息學分析

宏基因組細菌多樣性測序分析內容

宏基因組學分析內容

總體數據統計分析 

將 reads 與已測序微生物基因組(或參考序列)進行比對,得到物種分類信息以及每個物種上的 reads 個數統計

單個樣品中微生物種類及豐度分析,序列聚類 OTU,群落結構分析

  對 reads 組裝,得到 contigs 序列,根據 contig 的拼接結果,進行基因預測、基因功能注釋、COG 分類、GO 分類、KEGG-KO 分類及KEGG-map 代謝圖

  多個樣品間比較分析,包括相似度比對,OTU 比較、多樣品群落結構分析,PCA(主成分)分析

 


樣品要求  Sample Requirements


  

實驗類型

樣品總量

樣品濃度

樣品純度OD260/280

DNA質量

樣品保存

樣品運輸

環境細菌多樣性

1ug DNA

>50 ng/μl

1.8-2.0,無蛋白質、RNA 或肉眼可見雜質污染

基因組完整、無降解,電泳結果基因組 DNA 主帶在預期位置,清晰,無彌散,cDNA 片段化樣品,片段大小符合預期位置

請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種,并在樣品信息單中注明

請將樣品置于 1.5 ml 管中,做好標記,并用封口膜好,并同《測序樣品訂單》一起放在塑料樣品袋封口,基因組 DNA 如果用乙醇沉淀,可以常溫運輸。

宏基因組

3ug DNA

>30 ng/μl

注:為保證實驗的質量及延續性,請一次提供至少兩次的制備量

 


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