基因啟動子序列查找及啟動子與轉錄因子結合位點預測步驟

        在研究基因轉錄調控的過程中，大家經?？吹綐嫿硞€基因啟動子的熒光素酶報告質?；蛘哳A測與某基因啟動子結合的轉錄因子，無論哪種，首先得查找到某基因的啟動子序列。
        能查到啟動子序列的網站很多，pubmed，ensemble，UCSC 等等，那我們給大家介紹一下比較簡單容易上手的查找方式，例如非常強大的NCBI數據庫如何查找啟動子的詳細介紹，而promoter和TF的結合通過什么網站預測的呢？

基因啟動子序列查找步驟

1.打開NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/進入首頁，在①處下拉選擇gene，②處輸入基因名稱或ID編號，點擊Search進行查找。

2. 例：基因名稱：B4GALT1，物種：human。主要從名稱，ID號，物種，別稱等信息確定要查找的基因。

3.選擇點擊目的基因，檢查基因名稱及物種是否符合要求。

注意觀察啟動子的方向，點擊GenBank；

反向：

正向：

① 若為反向：將數值較大的數復制到

并+1得到新數值，將數值較大的數+2000后填入

，點擊下方Update View即可得到基因的啟動子序列。如下圖：

② 若為正向：將數值較小的數復制到

-1得到新數值，將較小的數值-2000填入

，點擊下方Update View即可得到基因的啟動子序列。

啟動子與轉錄因子結合位點預測

相關網站：http://jaspardev.genereg.net/ （2014版）

       http://jaspar.genereg.net/ （2020版）

1. 找出相關的啟動子的序列（方法如上）

2. 進入網站http://jaspardev.genereg.net/ （2014版），根據不同的物種選擇不同的分類，如下圖：

3. 以B4GALT1，Mus musculus為例：

選擇JASPAR CORE Vertebrata（脊椎動物）進入以下頁面，勾選所有物種為Mus musculus，在右側的空白框內輸入已找到的B4GALT1啟動子序列，點擊SCAN。

4. 該啟動子與轉錄因子結合位點預測的結果如圖所示：另存為該網頁，用word文檔打開即可。